25 червня 2000 року відбулася незабутня подія – відкриття Музею переслідуваної церкви. З 1 серпня 2007 року Музей функціонує як структурний підрозділ Державного історико-архітектурного заповідника у м. Бережани
під назвою Музей сакрального мистецтва та історії переслідуваної церкви і зберігає експозицію, сформовану ініціатором музею священником Михайлом Немелівським та сестрою-монахинею Надією Голейко. Основу музейної експозиції склали особиста колекція о. Михайла та матеріали про «катакомбний» період діяльності УГКЦ на Західній Україні. Музейні фонди поповнювалися дарунками від представників церкви та приватних осіб. Особливо слід відзначити підгайчанку, відому громадську активістку, вчительку Ольгу Букавин, яка і дотепер передає в музейну скарбницю цікаві образи, о. Омеляна Легету, що передав кілька зразків священничого облачення.Унікальні матеріали зібрав і передав у музей працівник Заповідника Богдан Тихий.
Музей займає шість кімнат південного кутового крила першого поверху Ратуші – пам'ятки архітектури національного значення (охорон. № 638). Під експозиції використовується п'ять залів. У першому представлені імена владик, що поклали життя на вівтар УГКЦ в часи більшовицького режиму, а також матеріали, пов'язані з іменем митрополита Андрея Шептицького. Тут письмові та фотодокументи із історії відкриття та освячення Музею, речі, що належали покійному співтворцю музею отцю Михайлу Немелівському.
Другий зал наповнений матеріалами про патріарха Йосифа Сліпого, подарованими меценатом д-ром Романом Смиком із США. Третій і четвертий зали присвячені незламності духу греко-католицького духовенства, що відображається у досить різноплановій експозиції: письмові свідчення про окремих священників та мирян часів переслідуваної УГКЦ, священничий одяг та особисті речі, якими послуговувалися священники у підпіллі. Експозиція останнього залу представлена зразками сакрального мистецтва та предметами церковної атрибутики.
На сьогодні фондова колекція Музею складає 2298 музейних предметів, з них 1291 – це основний фонд та 1007 – науково-допоміжний. Серед найцінніших – колекція стародруків, зокрема: Львівське (1670 р.) та Почаївське Євангелії (1771 р.), більше двох десятків листів митрополита Андрея Шептицького до Бережанського деканату.
Для експонування дерев'яних сакральних скульптур XVII–XІХ ст.: апостолів Петра й Павла, Іоана Богослова, Якова, пророків Мойсея та Іллі, Святої Анни і Святої Марії Магдалини використано виставковий зал у будівлі Магістрату (вул. Банкова, 4а). Особливо вражаючими постають скульптури апостолів Петра й Павла, створені у майстерні визначного європейського скульптора XVII ст. Іоана Пфістера.
Доповнює цю виставку сакральний живопис ХІХ ст. – іконографічне зображення Богородиці Одигітрії, євангелистів Матвія і Луки, Св. Йосафата Кунцевича, ймовірно, роботи художника Модеста Сосенка. Всі вони в попередні роки пройшли реставрацію в Львівських реставраційних майстернях.
Екскурсійна діяльність - один із основних напрямків роботи музею. Багатолітній науковий працівник музею Володимир Демянець (вже перебуває на пенсійному відпочинку) згадує, що приймав відвідувачів з міст і сіл Тернопільщини, Івано-Франківщини, Львівщини, м. Києва, представників з Польщі, Німеччини, Австрії, Англії, Росії, Канади, Австралії.
Працівники Державного історико-архітектурного заповідника у м. Бережани і далі працюють над відкриттям ще незнаних сторінок із катакомбного життя УГКЦ, особливо імен священників, що залишилися незламними у своїй вірі, та активно пропагують мистецькі сакральні надбання, що залишили нам у спадщину митці попередніх століть.